Los museos son la más clara expresión de nuestra memoria y diversidad cultural, contribuyen al ejercicio pleno de los derechos culturales y del aprendizaje colectivo al preservar y difundir las huellas de nuestra historia.
El Ministerio de Cultura y Patrimonio ha articulado una red de museos a nivel nacional, constituida por cuatro museos nucleares y trece museos sede.
El Museo Nacional del Ecuador (MUNA) cubre al Museo Camilo Egas, al Centro Cívico Cultural Museo y Biblioteca Mariscal Sucre Chillogallo, al Museo Centro Cultural Esmeraldas y al Museo y Centro Cultural Ibarra.
El Museo Antropológico y de Arte Contemporáneo (MAAC) se articula con los museos Nahím Isaías y Presley Norton, Archivo Histórico del Guayas, en Guayaquil; y Museo Amantes de Sumpa en Santa Elena.

El Museo y Parque Arqueológico Pumapungo cubre a los museos y centros culturales Loja y Riobamba.
Finalmente, el Centro Cívico Ciudad Alfaro, en Montecristi, cubre a los museos y centros culturales de Manta y de Bahía de Caráquez y al Museo de Portoviejo y Archivo Histórico.
Los museos adscritos al Ministerio de Cultura y Patrimonio custodian el acervo patrimonial más grande del Ecuador. Casi 700 000 bienes culturales que son propiedad de todos los ecuatorianos.
El Sistema Ecuatoriano de Museos busca articular a todos los museos del Ecuador generando alianzas estratégicas con los museos gestionados por los gobiernos locales o de afinidades temáticas, que van desde museos religiosos, de ciencias naturales y de arte, hasta museos de sitio, comunitarios o escolares.
Museos de Quito
El Sistema de Museos y Centros Culturales de Quito (SMQ) es un proyecto de la Fundación Museos de la Ciudad, sin fines de lucro, que propicia un marco de trabajo, promoción y apoyo conjunto entre los Museos y Centros Culturales del Distrito Metropolitano de Quito, sean estos estatales, públicos, privados, militares, religiosos o universitarios. Fue creado para promover los intereses de la museología y de las demás disciplinas relativas a la gestión y a las actividades de los museos.
Actualmente se encuentra conformado por 76 miembros:
- Alianza Francesa Quito
- Asociación Cultural Humboldt
- Cafelibro
- Capilla del Hombre
- Casa Cultural Trude Sojka
- Casa de las Artes La Ronda
- Casa del Alabado
- Casa Museo Carlota Jaramillo
- Casa Museo Manuela Sáenz
- Casa Museo María Augusta Urrutia
- Centro Cívico Cultural Mariscal Sucre
- Centro Cultural Antiguo Círculo Militar
- Centro Cultural Benjamín Carrión
- Centro Cultural de la PUCE
- Centro Cultural Planetario del Instituto Geográfico Militar
- Centro Cultural Govindas
- Centro Cultural Itchimbía
- Centro Cultural Metropolitano
- Centro Cultural Sita Art
- Centro Cultural Tianguez
- Centro de Arte Contemporáneo
- Convento Mercedario El Tejar y Leyendas Nocturnas
- Espacio Fundación Telefónica
- Fundación Biciacción
- Fundación Iglesia de la Compañía de Jesús
- Fundación Mundo Juvenil
- Fundación Quito Eterno
- Galería de las Artes Kingman
- Museo Policial
- Instituto Nacional de Biodiversidad
- Jardín Botánico de Quito
- La Cuchara Orgánica – Centro Cultural
- Museo Interactivo de Ciencia – MIC
- Museo Muñoz Mariño
- Museo Abya Yala
- Museo Aeronáutico y del Espacio de la FAE
- Museo Arqueológico Weilbauer
- Museo Antropológioco Antonio Santiana
- Museo Camilo Egas
- Museo de Arte Colonial
- Museo de Arte Moderno de la Cultura
- Museo Archivo de Arquitectura del Ecuador
- Museo de Ciencias de la Tierra de la Universidad Central
- Museo Zoológico de la Universidad Central
- Museo de Historia Natural Gustavo Orcés V.
- Museo de Instrumentos Musicales Pedro Pablo Traversari
- Museo de la Biblioteca Ecuatoriana Aurelio Espinoza Pólit
- Museo de la Ciudad
- Museo de la Defensa Casa de Sucre
- Museo de la Defensa Templo de la Patria
- Museo de la Presidencia – Palacio de Carondelet
- Museo de Santo Domingo Fray Pedro Bedón
- Museo de Sitio de Tulipe
- Museo de Sitio La Florida
- Museo del Carmen Alto
- Museo del Observatorio Astronómico de Quito
- Museo del Tren de Chimbacalle
- Museo Etnográfico de la Mitad del Mundo
- Museo Etnohistórico de Artesanías del Ecuador -MINDALAE-
- Museo Franciscano del Padre Almeida
- Museo Fray Pedro Gocial San Francisco
- Museo Iglesia Catedral Primada de Quito
- Museo Jacinto Jijón y Caamaño
- Museo Miguel de Santiago Convento de San Agustín
- Museo Monacal de Santa Catalina de Siena
- Museo Nacional de Medicina Eduardo Estrella
- Museo Nacional del Ecuador
- Museo Numismático del Banco Central del Ecuador
- Museo Universitario de la Universidad Central del Ecuador
- Palacio de la Exposición
- Parque Arquelógico y Ecológico Rumipamba
- Parque Urbano Cumandá
- Vivarium de Quito
- Museo Alberto Mena Caamaño
- Museo de Sitio Intiñán
- Yaku Parque Museo del Agua

Museos de Guayaquil
Uno de los principales atractivos turísticos y culturales de Guayaquil son su museos, la ciudad cuenta con un número importante de museos sobre distintas temáticas en donde se exhiben pinturas, cerámicas, artesanías, esculturas, grabados, restos arqueológicos y fotografías que ofrecen un repaso de la memoria histórica y cultural de Guayaquil y su habitantes.
- Museo Antropológico y de Arte Contemporáneo -MAAC-
- Museo Municipal de Guayaquil
- Museo Nahím Isaías
- Museo Presley Norton
- Museo Miniatura Guayaquil
- Museo del Bombero Ecuatoriano Crnl. Félix Luque Plata
- Museo Luis Noboa Naranjo
- Museo Naval Contemporáneo
- Museo de la Música Popular Guayaquileña Julio Jaramillo
- Museo El Fortín
- Museo Antropológico del Banco Central
- Museo Banco del Pacífico
- El Museo del Cacao
- Archivo Histórico del Guayas
- Museo de la Cerveza
- Museo Calderón
- Museo Francisco Campos
- Museo de los Equipos del Astillero
- Museo de Barcelona SC

Museos de Cuenca
Los museos de Cuenca te ofrecen la posibilidad de recorrer las tradiciones y costumbres de sus habitantes a través de diferentes períodos de su historia. Su riqueza artística y cultural está plasmada en cada uno de ellos, por algo a la ciudad se la conoce como «la Atenas del Ecuador».
- Museo de la Ciudad
- Museo de las Madres Conceptas
- Museo Pumapungo
- Museo Remigio Crespo Toral
- Museo de Arte Moderno
- Museo de las Culturas Aborígenes
- Museo Agustín Landívar
- Museo Municipal de Arte Moderno
- Museo de Historia de la Medicina
- Museo de la Identidad Cañari
- Museo del Colegio Nacional Benigno Malo
- Museo Zoológico Amaru
- Museo de Esqueletología
- Museo Del CIDAP: Centro Interamericano de Artes y Artesanías Populares
- Museo Arqueológico Universitario
- Museo del Sombrero de Paja Toquilla
- Casa Museo La Condamine

