Los Movimientos Indígenas del Ecuador están compuestos estructuralmente por las bases, las agrupaciones comunitarias que a su vez se articulan en federaciones. Estas últimas se aglutinan alrededor de organizaciones de segundo grado, adscritas a la CONAIE, la Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador, la organización matriz del movimiento.
Existe un sinnúmero de organizaciones y movimientos indígenas en Ecuador, todos ellos se encuentran cobijados por la CONAIE:
- CONAIE: Confederación de Nacionalidades Indígenas del Ecuador
- ECUARUNARI: Confederación de Pueblos de la Nacionalidad Kichwa del Ecuador
- CONFENIAE: Confederación de Nacionalidades Indígenas de la Amazonía Ecuatoriana
- FENOCIN: Confederación de Organizaciones Campesinas, Indígenas y Negras
- MICC: Movimiento Indígena Campesino de Cotopaxi
- COICA: Coordinadora de las Organizaciones Indígenas de la Cuenca Amazónica
- MUPP: Movimiento de Unidad Plurinacional Pachakutik
- FEINE: Federación de Indígenas Evangélicos del Ecuador
- OPIP: Organización de los Pueblos Indígenas de Pastaza
