Durante el segundo período de gobierno, el alfarismo fue perdiendo apoyo. Muchos de sus antiguos partidarios se unieron a la tendencia placista aliada de los terratenientes. A ello se sumó la pérdida de poder de Alfaro en el ejército y el deterioro propio de la vejez.
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| La Hoguera Bárbara, parque el Ejido en Quito |
Cuando su segundo período presidencial terminaba, Alfaro escogió como candidato al empresario guayaquileño Emilio Estrada, quien triunfó ampliamente en las elecciones presidenciales. Al enterarse Alfaro de que Estrada tenía una enfermedad cardíaca grave, intentó destituirlo legalmente para evitar una disputa por su sucesión. Los seguidores de Estrada dieron un golpe de Estado y Alfaro salió del país.
A los pocos meses de iniciar su mandato, Estrada murió y, como Alfaro había previsto, diversas facciones liberales empezaron a disputarse el poder. Alfaro volvió al país para intentar negociar un acuerdo, pero una sangrienta guerra civil se había apoderado del país. Por un lado, estaban los liberales más radicales, que se habían alzado en Esmeraldas y Guayaquil y, por el otro, fuerzas comandadas por Leonidas Plaza y Julio Andrade, que representaban al gobierno. Ante la contundencia de los ejércitos gobiernistas, los alfaristas llegaron a un acuerdo por el cual se respetaba su libertad y se rindieron. A pesar de ello, Alfaro y sus compañeros fueron encarcelados y traídos a Quito, donde una multitud, azuzada por clérigos y enemigos de Alfaro, los asesinó y arrastró por las calles hasta El Ejido, donde se los incineró.
¿Cómo el líder histórico de la Revolución Liberal pudo caer asesinado de forma tan brutal? Mucho se ha especulado sobre lo que sucedió, pero distintas circunstancias pesaron para que Alfaro se quedase solo. Sus intentos fallidos de reforma estructural -que comprendían el desarrollo industrial, la organización obrera y la superación de relaciones serviles- alarmaron a las élites liberales y conservadoras, que pronto le quitaron su apoyo. Al mismo tiempo, el corto alcance de las reformas, que prácticamente se limitaron a la secularización del Estado, llenaron de frustración a las masas ávidas de cambios drásticos.